复合益生元具有增殖有益菌、抑制有害菌、维持肠道生态平衡，双向调节肠道之功能；益生菌进入人体肠道内，通过其生长及各种代谢作用促进肠内细菌群的正常化，抑制肠内腐败物质产生，保持肠道机能的正常。对缓解便秘或肠炎有辅助作用；益生菌可产生有机酸、游离脂肪酸，具有润滑肠道、抑制有害菌的作用；益生菌产生的细菌素具有抑制其它有害菌的生长，通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅度下降；益生菌能够定殖于肠道粘膜形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物在肠道的定殖，起着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用。并可以刺激机体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤（NK）细胞的活性，增强肠道免疫球蛋白IgA的分泌，改善肠道的屏障功能；益生菌可抑制致癌物酶的活性，如β-葡糖乙酸酶、β-葡糖醛酸酶、尿素、酶、硝基还原酶、偶氮还原酶等，减少患癌机率。复合益生元能够吸附脂类，其代谢产物能够抑制胆固醇的合成，增殖的有益菌不但能对胆固醇的吸收起同化作用而且还能产生胆固醇还原酶，还原酶可使胆固醇转化为难以被人体胃肠道所吸收的粪甾醇，起到降血脂的作用。

有益菌一般包括①乳杆菌类（如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、詹氏乳杆菌、拉曼乳杆菌等）； ②双歧杆菌类（如长双歧杆菌、短双歧杆菌、卵形双歧杆菌、嗜热双歧杆菌等）； ③革兰氏阳性球菌（如粪链球菌、乳球菌、中介链球菌等）。也可以归类为乳酸菌类，因为乳酸菌类包括乳杆菌类，链球菌类，双歧杆菌类，例如益生元低聚木糖（XOS）对长双歧杆菌、青春双歧杆菌增殖明显，对其它双歧杆菌属的菌种增殖不明显。对唾液乳杆菌增殖明显，对其它乳酸杆菌属菌种不明显；低聚果糖（FOS）对短双歧、长双歧、婴儿双歧、青春双歧增殖明显，对其它双歧杆菌属增殖不明显。对嗜酸乳杆菌、唾液乳杆菌增殖明显，对其它乳酸杆菌属增殖不明显；低聚异麦芽糖（IMO）对双歧杆菌属增殖明显，对梭菌，肠球菌等增殖不明显；对于益生菌复合而言，其更要符合人体肠道的生理特性，如双歧杆菌中的长双歧杆菌、乳双歧杆菌、青春双歧杆菌，它们在肠道中的存在数量是跟据人的年龄和生活习惯决定的，人的年龄越大，乳双歧的含量越低，长双歧，青春双歧会越来越多，随着年龄越来越大，其双歧杆菌在肠道中的的数量会越来越少，有益菌的减少不利于肠道的健康。因此必须补充不同的有益菌。所以复合益生菌的配制是各种益菌优势互补的又一体显。复合益生元具有吸附体内毒素，净化肠道，与体内有毒物质结合，清除有毒物质，减少毒素对肠道粘膜的伤害；还具有增强抗体水平、增殖有益菌、抑抑有害菌、恢复肠道微生态平衡，双向调节肠道，减少有害菌产生的代谢产物对机体遭成的伤害；膳食纤维（β-葡聚糖、聚葡萄糖）有助于肠道的蠕动，进入肠道后有较强的吸水性，通过渗透压的作用令粪便软硬适度，顺利排出。